李言聞悲憤之極，進京求見蔣太后面呈李時珍的案情。嘉靖知道后命馮天馭重審此案。嚴嵩授意嚴世蕃將罪過轉嫁到荊王世子朱成翊的身上。嘉靖果然上當，以為朱成翊是幕后黑手。太后暗示要殺一儆百，打擊藩王，以穩朝政。嘉靖判朱成翊極刑。

之后，嘉靖還派大太監崔方赴災區慰問，并獎勵李言聞家救災有功。李言聞表明應該得到皇上獎賞的是李時珍的師傅華南。崔方見到華南時不由得大吃一驚，原來華南就是當年被宮廷追殺的太醫吳浩然。崔方頓生殺機。華南自知難逃一死，便支走李時珍，臨別前囑咐李時珍要完成他重修本草的愿望。