十多年之后，李時珍和義弟李行義，還有李言聞收養的好友之女斯語都長大成人。李行義跟著李言聞學習醫術，李時珍則按照父親的要求一心科舉，只能暗地里偷學醫術。李時珍入書院的第一天因搶了荊王世子朱成翊的風頭，從此便成了朱成翊的眼中釘。在書院時間越長他與朱成翊的積怨越深。在王府的干預下，李時珍不得不退出書院，回家自學。

不久，朱成翊的愛妃因喝了李言聞開的藥后暴亡。朱成翊要斬李言聞，幸虧荊王府郡主朱萇葶出面求情。朱成翊答應給李家三天時間找出原因，否則定斬不饒。李時珍和李行義通過朱萇葶找到世子妃用過的藥渣，發現里面少了一味叫黃精的藥，而多了一味不知名的藥，這讓兄弟倆大為疑惑！