李時珍在斯語和家人的照顧下身體慢慢康復，他說動父親支持他繼續告下去。他到了巡撫衙門狀告福成藥行與惠民局勾結貪污朝廷除疫銀兩、制假販假，使得瘟疫蔓延、百姓死傷無數。巡撫暗示李時珍不要再告。朱成翊也找到李時珍，以成全李時珍和萇葶的婚事為條件讓李時珍撤訴，遭到李時珍的拒絕。

很快，巡撫便用假的人證物證告李時珍出售假藥害死人命，將其緝拿歸案。危急之時，顧先生出面帶領眾鄉紳為李時珍求情。巡撫有所收斂，卻暗中找嚴世蕃問計。嚴府明示先定罪再說，巡撫隨即判李時珍秋后問斬。顧先生趕緊給親家刑部尚書馮天馭寫信求救，馮天馭研究卷宗后覺得案情重大，似乎與嚴家有牽連，隨即請內閣大臣夏言定奪，夏大人正愁找不到拿捏嚴嵩的把柄，下令徹查此案。