共同抱著保護(hù)萊拉的目標(biāo)，女巫沖破教會(huì)飛艇的重重封鎖，飛進(jìn)阿斯里爾開啟的裂隙。李則逆流而上，在葉尼塞河源頭，大片沼澤中心尋找到了失蹤已久的格魯曼博士。格魯曼就是約翰·佩里，當(dāng)年，他一心撲在研究上，就算要穿越裂隙前往其他世界，他也毫不猶豫。可當(dāng)他想回家時(shí)，身后的路已關(guān)閉。而李想得到的那個(gè)東西，也正是他所尋求的。

相傳三百年前，有個(gè)哲學(xué)協(xié)會(huì)研究原子之間的聯(lián)系，并根據(jù)掌握的知識(shí)制造出一把匕首，名為魔法神刀。這把匕首只要在合適人的手上，就能割開世界之間的通道，此人被稱為持刀人。

格魯曼需要的就是這把匕首，再交給阿斯里爾就能回到家人身邊。可一提到阿斯里爾，李就心生警惕。萊拉是個(gè)好女孩，她的父親卻是個(gè)自私的家伙。在得到格魯曼再三保證后，李才帶著格魯曼返回薩莫斯基附近叢林，坐上庫(kù)爾特夫人藏在里面的氣球，趕往斯瓦爾巴特群島。

此時(shí)，博雷爾正密會(huì)庫(kù)爾特夫人。之前，他以資助人身份找過(guò)瑪麗院士。誰(shuí)知瑪麗聽到，將來(lái)還會(huì)有軍方投資，便拒絕合作。博雷爾弄巧成拙，只得去找?guī)鞝柼胤蛉恕５热R拉回來(lái)取真理儀時(shí)，就能控制萊拉，弄清楚瑪麗院士的研究項(xiàng)目。但這么做的后果，就是博雷爾不得不把無(wú)人知曉的“窗戶”，透露給庫(kù)爾特夫人。庫(kù)爾特夫人滿懷驚異，穿過(guò)“窗戶”，先到了喜鵲城。在被妖怪發(fā)現(xiàn)前，博雷爾迅速領(lǐng)著她再次穿過(guò)另一個(gè)“窗戶”，前往另一個(gè)牛津。

博雷爾和庫(kù)爾特夫人都沒(méi)想到，他們找尋的萊拉，此刻就在喜鵲城。萊拉和威爾望著城中尖塔一籌莫展，實(shí)在想不出該怎樣進(jìn)入這座沒(méi)有門戶的建筑。在城里尋找其他小孩打聽時(shí)，潘注意到角落一扇木門上的裝飾，與尖塔四周的天使雕像一模一樣，只是尺寸小了許多。二人推門進(jìn)去，走過(guò)長(zhǎng)長(zhǎng)的甬道，來(lái)到一間方方正正的大廳。大廳擺滿書籍，像是某個(gè)古老協(xié)會(huì)遺址。從形狀和方位來(lái)看，威爾相信，這里就是尖塔地基。

向上進(jìn)入尖塔主體，威爾和萊拉驚訝的看到一位老人手腳被縛倒在地上。老人叫賈科姆，是持刀人，可魔法神刀已被搶走。正說(shuō)著，一道黑影撲了過(guò)來(lái)。威爾和萊拉急忙躲開，這才看到一個(gè)年青人手持匕首，面色不善。因魔法神刀極為鋒利，能切開世間所有物體，包括無(wú)形之中的妖怪。年青人搶神刀的目的，就是為了保命。

刀鋒所過(guò)之處，無(wú)堅(jiān)不摧。威爾再如何小心，仍被削斷了右手無(wú)名指和小指。誰(shuí)知賈科姆精神大振，鼓勵(lì)威爾搶奪匕首。原來(lái)賈科姆也是經(jīng)過(guò)戰(zhàn)斗才得到匕首，右手同樣沒(méi)有無(wú)名指和小指。這就是真正持刀人的標(biāo)記，說(shuō)明威爾有資格得到魔法神刀。

有萊拉和潘的協(xié)助，威爾終于奪下神刀。可一旦神刀離開尖塔，賈科姆就將失去保護(hù)屏障，成為妖怪的食糧。賈科姆卻無(wú)所畏懼，找到新持刀人，他的使命就已終結(jié)。他指導(dǎo)威爾集中意念，切開通道，再歸刀入鞘，用手指關(guān)閉通道。隨后，還叮囑了四個(gè)要求，打開的通道必須關(guān)閉，不得交給他人，不能用于卑鄙用途，必須保密。

離開尖塔，回到暫停地，萊拉很難平靜。威爾才是匕首的真正主人，很難啟齒讓他用匕首換回真理儀。威爾早已想好的解決辦法，他會(huì)和萊拉一起回去，把真理儀偷回來(lái)。這個(gè)主意雖不是最好的，但卻是目前情況下最可行的，萊拉不由得松了口氣。

然而事情的發(fā)展遠(yuǎn)非萊拉想象得那么簡(jiǎn)單。就在拒絕博雷爾的資助后，瑪麗沮喪的坐在實(shí)驗(yàn)室，陷入迷茫。耳邊突然響起一個(gè)聲音，屏幕上的波紋劇烈顫動(dòng)。暗物質(zhì)回答了瑪麗的每一個(gè)問(wèn)題，它就是萊拉所說(shuō)的塵埃，也是人類記載的神靈、天使。它干預(yù)人類進(jìn)化，讓人類成為萬(wàn)物之主，目的只有一個(gè)，復(fù)仇。