次日一早醒來，萊拉決定先去威爾的世界。那里沒有教會，“塵埃”也就不會被視為原罪，禁止研究討論。換好衣服，潘躲進背包里，萊拉和威爾來到僻靜的死胡同。穿過裂隙，萊拉興奮的沖出街心公園，很想看看這是個什么樣的世界。一輛車呼嘯著從她身邊駛過，險些撞上。萊拉這才看到，路邊停滿了類似的四輪機械怪物。

萊拉的世界里沒有汽車，就如同威爾的世界里沒有喬丹學院一樣。二人小心翼翼的穿過馬路，都沒有注意到路邊一輛毫不起眼的汽車。主教法庭執行官博雷爾詫異的看到威爾和萊拉在一起，但他并沒有馬上行動，還有更重要的事要做，只能把尋找約翰·佩里郵件的事暫時交給這個世界的眼線沃爾特斯警督。

博雷爾返回教會時，前主教斯特羅克的葬禮已經結束。葬禮上，代理主教麥克費爾神父強烈譴責女巫行刺主教的惡行，并在之后的聽審會上，將塞拉芬娜派來的求和使者定罪下獄。在選舉前，他還接受庫爾特夫人的建議，簽下剿滅女巫法令，讓他聲望大漲。當晚，所有神父一致投票推舉麥克費爾為新任主教。與此同時，教會飛艇投下成噸烈性炸藥，將女巫小島夷為平地。庫爾特夫人心中暗喜，麥爾費爾為登大位曾有不少算計，其中不乏經過庫爾特夫人之手實施。手里有了主教的把柄，也就不怕教會對自己以后的行動橫加阻撓。

此時，在另一個世界里，萊拉失望的看到應當是喬丹學院的地方，只是一片閑置工地。威爾要先去看望母親，然后還要去找律師，便約定黃昏前在兩個世界都有的植物園碰頭。萊拉百無聊賴，看到路邊博物館海報有點喬丹學院的風格，興匆匆前往。

博物館里陳列著各種北方遺跡，從愛斯基摩人的古老雪橇到古人類頭骨。萊拉找了個無人角落，取出真理儀，問出心中的問題。從真理儀反饋的圖形，她分析出要去圣彼得學院找一位院士，最重要的是，必須坦承相告。真理儀還表明，要幫助威爾找到父親，萊拉更迷茫。

不管怎么說，先抓緊時間去找院士。但實話實說能否有用，萊拉心里犯疑。背上背包向博物館大門走去時，萊拉不經意撞上了一個人，趕緊將手里的真理儀揣進口袋，佯裝參觀展品的模樣。那人叫查爾斯，他沒想到一個十幾歲的孩子會對古人類的頭骨感興趣，而且那些頭骨還是他本人收藏再轉贈博物館的。萊拉謊稱自己叫莉茲，隨便敷衍了幾句，找機會離開。

一路打聽來到圣彼得學院，萊拉信步走進真理儀所說的，貼有一座大山的門。門上貼的是富士山照片，門后是學院最冷門的暗物質研究所。因缺少經費而無所事事的瑪麗院士聽著眼前女孩說了一堆莫名其妙的名詞，什么“塵埃”，“原罪”，“教會當局”，“羅杰”，“喬丹學院”，一時難以理解。但她能看出萊拉并非胡言亂語，本著科學家的研究精神，靜心聽萊拉解釋。

聽了好一會，瑪麗院士才明白，萊拉是想了解自己的研究項目。作為交換，萊拉也答應會解答瑪麗的一些疑問后，瑪麗說出了自己的研究項目，暗物質。暗物質無所不在，又很難觀測。瑪麗歷經多年研究，才發明出用于觀測的電腦設備，取名“山洞”。她觀測過很多物體，發現暗物質對人造物及人類接觸有反應，尤其是她收藏的易經盒。

直到有一天，瑪麗心血來潮，將導線連在自己頭上。在思考的過程中，電腦屏幕上的波紋出現連續波動，像是要與她交流。至此，瑪麗猜測出，暗物質是有自我意識的。只有當人的意識處于某種期待狀態時，暗物質就會回應人的思維。由于瑪麗的研究過于怪異，被學院當成異端學說，棄之不用。萊拉卻恍然大悟，對真理儀的運作原理有了進一步的認識。

瑪麗對真理儀能視透萬物仍抱有疑惑，萊拉當場用真理儀回答了她的問題，她在當科學家前是名修女，因不再相信上帝才選擇離開。瑪麗驚訝之余也欣喜若狂，把萊拉帶到了自己的實驗室。

萊拉坐在瑪麗開發的暗物質探測器前，電腦屏幕上的波紋紋絲不動。但當萊拉放空思想，思考問題時，波紋出現劇烈反應。屏幕上的波紋形成圖案，以真理儀的圖形回答萊拉的疑問。暗物質就是萊拉所說的“塵埃”，它告訴萊拉，瑪麗院士很重要，必須由院士帶著易經盒子去某個地方。還沒等說清楚，萊拉猛然想起與威爾的約定，一邊忙不迭的跑出實驗室，一邊隨口答應明天再來，丟下心癢難撓的瑪麗院士。

在植物園門口等了好一會的威爾見到萊拉氣喘吁吁跑來，不禁大怒。今天他先去翰威老師那看望過母親伊萊恩，確定母親安好后，再去找律師。他希望動用父親的信托基金，為母親找個安身處，再找個心理醫生治療。可威爾未成年，律師建議與另兩名受托者，威爾的祖父母商量。威爾第一次聽說自己有祖父母，就生活在牛津。他懷著一絲激動，按照律師提供的地址來到祖父母家。誰知剛提到信托基金，祖父就生氣離開。祖母找其他話題東拉西扯，卻說漏了嘴，先是說不太了解伊萊恩的情況，后又說伊萊恩急需專業治療，威爾立刻明白，他們早與警方有默契，祖父離開說不定就是在聯系警方。

威爾借打翻咖啡杯逃離祖父母家，又久等萊拉不來，真害怕萊拉已被警方抓住，誰想到萊拉卻是在四處游玩。萊拉心里有氣，取出真理儀，讓威爾見識一下比手機更厲害的事物。真理儀不論結果好壞，只說真相。從真理儀上得知，威爾的父親約翰·佩里并沒有死，而是帶著一些信逃走了。有個人想偷取伊萊恩與約翰來往的郵件，被威爾撞破，跌下樓梯身亡。話說到這，威爾自然不再懷疑真理儀的真假。他現在只有信任萊拉，回喜鵲城，找出隱藏其中的奧秘。