為了與碇唯再會(huì)而被制造出來的綾波麗，在與碇源堂約定之時(shí)，來到了NERV底層中央教條的紅色水池邊。無論是作為容納碇唯靈魂的容器或是“人類補(bǔ)完計(jì)劃”的道具，她的命運(yùn)也會(huì)就此結(jié)束（再生？），而已感到自我靈魂存在的麗的抉擇是…… 在戰(zhàn)自的攻擊之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的對(duì)“第二次浩劫”真相以及“人類補(bǔ)完計(jì)劃”的探查工作，還要保護(hù)真嗣與明日香以及防備Seele對(duì)初號(hào)機(jī)與二號(hào)機(jī)的物理接觸，她的忙碌直至被戰(zhàn)略自衛(wèi)隊(duì)的流彈擊中為止……