在沒有受過特殊訓練的情況下，真嗣就和EVA 達成同步和使徒作戰。射出后與第三使徒對峙的初號機，因為真嗣不熟悉操作，也無實戰經驗，在遭到使徒的攻擊后活動停止。但在真嗣昏迷后初號機奇跡般地再啟動，在失控的狀態下，用壓倒的戰力將使徒擊潰。面對冷漠的父子態度，美里提出要真嗣與她同住的要求。14歲的自我封閉少年與29歲的單身美女的共同生活就此開始。美里對真嗣作戰的成績表示贊賞，但真嗣希望這話是出自另一人之口。