在與潛入學校的恐怖分子搏斗后，藤丸最終得到了抗病毒劑。但是，病徵出得很早的英還沒有來得及注射藥劑就氣絕身亡了。藤丸認為英的死全部都是自己的錯，陷入了悲痛的深淵……

另外一方面，J為首的恐怖分子襲擊了拘留所，成功救出了教祖神島紫門，并開始實行最極端的病毒計劃{BLOODY MONDAY}.

渡過了朋友的死，堅定了戰斗信念的藤丸和「THIRD-I」協力與恐怖分子面對面。"最后的星期一"，藤丸究竟能不能夠拯救朋友、東京和地球嗎?還有一個就是，因為J而逐漸明朗的事實，追逼著藤丸。