被人嫁禍殺死警察而被通緝的藤丸，在音彌、葵、真子（德永惠利）、英（久野雅弘）等報社成員的幫助下，躲在一個學校里。對于親人四分五散，又得不到「THIRD-i」信任的藤丸來說，那是唯一一個能冷靜下來落腳的地方。但是空無一人的學校里，卻驚現恐怖分子的身影！……此時J告知「THIRD-i」包括藤丸在內的五個人已感染上了病毒，并向「THIRD-i」提出要求，讓他們以釋放神島紫門（嶋田久作）來交換這五人的解毒劑。

「THIRD-i」在已得知恐怖分子計劃后，新指揮官鐮田本著“為了戰爭，犧牲不可避免”的觀點，認為與救出藤丸等人相比，抓住恐怖分子更為重要。

與外界斷絕聯系，又迫于病毒威脅的藤丸等人將會面臨什么樣的悲劇呢。