1912年5月下旬，孫中山回到家鄉看望鄉親父老，并到陸皓東墳前祭拜，孫中山回首往事，感慨萬千；并向兄長孫眉賠禮。兄弟二人冰釋前嫌、和好如初。孫中山去澳門看望陳粹芬，陳粹芳已人去樓空，只留下一封信給孫中山。在回家的渡口，見到了陳粹芬收養的女兒。 由于袁世凱只要從共和所得到的實權，而不要共和所主張的民主，孫中山非常氣憤，于1912年7月回到上海同盟會本部，因陳其美、蔡元培、宋教仁等紛紛從袁世凱內閣辭職，內閣里已沒有牽制袁世凱的力量了，孫中山決定去北京與袁世凱共商國策。 1912年8月下旬孫中山與袁世凱在總統府會晤，共商國家大計。 1913年2月，孫中山夫婦和宋嘉樹夫婦起程前往日本考察鐵路。 袁世凱把堅決維護臨時約法的宋教仁看成心腹大患，1913年3月20日，袁世凱派刺客暗殺了宋教仁，公開破壞臨時約法，反對共和，孫中山聽到宋教仁被害的消息，急忙趕回上海，召集黃興等共商討伐袁事宜；由于內部出現反對意見，袁世凱得以可乘之機，國民黨坐失良機，二次革命雖在全國發動，卻僅僅堅持了四十八天，就以慘敗告終。 孫中山、黃興等一批革命黨人再次流亡海外，回首苦難深重的祖國，孫中山不得不開始了他更加深刻的人生思索。