故事開場緊接著第一集的結(jié)尾,“金剛狼”羅根為了找回自己過去的記憶離開了X教授的學(xué)校,隱姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工業(yè)中心;另一邊,人類議會(huì)正忙于重建在變種人大戰(zhàn)中受到重創(chuàng)的自由女神像;萬磁王則繼續(xù)在X教授精心打造的塑料監(jiān)獄中服刑。從表面上看這個(gè)世界似乎漸漸回復(fù)了正常,但是X戰(zhàn)警們沒有察覺到,在這個(gè)世界的黑暗深處,新的陰謀正在悄悄臨近,包括富有正義感的X戰(zhàn)警在內(nèi)的變種人。在普通人眼中代表著社會(huì)新物種對(duì)舊人類的挑戰(zhàn)與威脅,因此他們必須在充滿歧視和敵意的環(huán)境里掙扎求存。人類總是對(duì)比自己強(qiáng)大的事物懷有戒心,變異人就面臨這種情況。雖然在第一集中,變異人在X教授的指揮下,將邪惡的萬磁王打入冷宮,但是依然得不到社會(huì)的承認(rèn)。在一次政治要人遭到暗殺后,所有的矛頭又一次指向變異人。這一次,X教授也感到壓力大增,以致于跟美國總統(tǒng)都要就此事進(jìn)行磋商。一個(gè)擁有很高聲譽(yù)的前將1軍,率領(lǐng)著反對(duì)變異人的一聯(lián)盟連續(xù)對(duì)x教授施壓。萬磁王在這種情況下,不得不尋找與X教授聯(lián)手抵抗前將軍的方式。金剛狼的身世也將在本集中進(jìn)一步揭開。