一輛火車撞上了一輛停在鐵路上的校車，司機死亡。根據司機的妻子，司機為包校車安全，開起了氣囊，誰知，那輛校車卻是空的。看來是一場蓄意的火車事故。和以往的一些火車事故現場一樣，犯案者留下一張滿是數字的字條，卻沒人能破譯。經過FBI的簡單調查，這個犯案者已經利用鐵路系統的漏洞引起了多起事故，造成了不少傷亡。某人打來電話說他無意中拍攝到了這起事故，FBI們立刻去看了錄像，并審問了某人。接著，從錄像帶里，他們發現了一伙人從出事的火車里偷東西。FBI們查出了小偷們的車牌號，準備逮捕他們，卻發現他們已經被殺。犯案者打來電話，嘲笑Don，并且發誓要揭露鐵路系統骯臟的一切。另一邊，Charlie和Amita去了火車博物館，在解說員那里得知了一些信息。Don根據死了的小偷而發現了某個秘密組織，FTAR；他們也有了一個嫌疑人，Horizontal Bob。Charlie和Amita也開始有一點點愛意萌生。同時，他們也破譯了那張數字紙條...究竟是怎么回事？鐵路系統的骯臟又指的是什么？