思琪向周新匯報說老婦人和孫女被人追殺，老婦人被人發現在山中無人處，她的小孫女墜崖。周新推斷所有這一切都是圓清寺的方丈背后指使，莫文淵按周新的要求派出衙役趕往圓清寺，他們在途中被蒙面歹徒襲擊，思琪帶人及時趕到制服歹徒，歹徒是那些和尚，其中一人還是圓清寺老方丈的徒弟。

周新帶人來到寺院時讓和尚們十分驚慌，老方丈假裝鎮定，他認出處州知州莫文淵，周新自稱是談生意而來，小榔頭拿出腰牌給老方丈看，老方丈要借機離開時被周新叫住，周新帶他們來到那棵梧桐樹下，還懷疑樹葉和失蹤的少女有關，老方丈失口否認。周新命衙役將那棵樹刨開，衙役發現那個無辜少女的尸首，老方丈將責任推在徒弟身上。

周新要將寺院從里到外搜查一遍，莫文淵提醒他寺廟的牌匾曾是皇上親筆提字，周新要讓寺院地覆天翻，閑雜人等被趕出大殿，大殿和藏經閣沒發現可疑之處，老方丈質問周新。思琪來到老方丈房中仔細搜查，發現暗道后進去查看。周新看到一群可疑人員后讓小榔頭截，小榔頭認出菊花，老方丈出手和衙役們打斗起來，小榔頭趁機拉菊花離開。

老方丈不敵眾人被擒，周新發現那些穿著和尚衣服的少女們，小榔頭向她們問起情況，但她們都不能說話，周新讓莫文淵馬上去找解藥，思琪將發現的地洞口告訴周新。周新帶人來到地道中查看情況，他發現里面的藏獒和老方丈犯下惡行的地方，老方丈失口否認，還拿出皇上御賜的免死金牌。

周新揭露了江洋大盜黑胡子的真實面目，黑胡子只得認裁，他不明白周新為何看破那一切，周新解釋落葉之謎。失蹤的少女和家人相認，有些只剩下尸骨，老百姓對周新做法深表感謝，周新又踏上新的征途趕往下一個州縣，莫文淵因碌碌無為被革職。段無極來到京城南京找紀綱狀告周新阻攔財路，紀綱在皇上面前說起周新破案之事，皇上打算當著文武百官的面夸獎周新，紀綱的目的是一箭雙雕，他清楚皇上最擔心的是建文帝。